Bioinformatika Dalam Dunia Akuakultur

untuk lihat jurnalnya klik di link di bawah ini ya ^^
http://witarto.files.wordpress.com/2008/01/witarto-bioinformatika.pdf
Resume;

Ledakan data base/informasi biologi itu yang mendorong lahirnya “Bioinformatika” karena bioinformatika adalah bidang yang relative baru masih banyak ksalah pahaman mengenai definisinya. Computer sudah lama digunakan untuk menganalisis data biologi, misalnya terhadap data- data kristalografi sinar X dan NMR ( Nuclear Magnetic Resonance), dalam melakukan penghitungan transformasi Fourier dsb, bidang ini disebut sebagai biologi komputasi. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisis data-data biologis dari data base DNA, RNA maupun protein tadi, untuk mewadahinya beberapa jurnal baru bermunculan  (misalnya Applied Bioinformatics) atau berubah nama seperti Computer Applications in the Biosciences (CABIOS) menjadi bioinformatik yang menjadi official journal. Dari International Socienty For Computational Biology (ICSB)

Bioinformatika sudah menjadi bisnis besar sekarang. Perusahaan bioteknologi yang menghasilkan data besar seperti perusahaan sekuen genom, senantiasa memerlukan bagian analisa Bioinformatika. Produk Bioinformatika pun sudah dipatenkan baik di AS, Eropa maupun Asia [18]. Berdasar jenisnya produk yang dipatenkan itu bisa dibagi menjadi tiga yaitu (1) perangkat lunak Bioinformatika, termasuk diantaranya adalah perangkat lunak pencarian database dsb dengan contoh misalnya paten no. 6,125,331 di AS berjudul “Structural alignment method making use of a double dynamic programming algorithm”, (2) metode Bioinformatika, ini menggunakan analogi metode bisnis telah dapat dipatenkan di AS seperti pada kasus pematenan Amazon.com, sebagai contoh adalah paten no. 6,125,383 di AS tentang “Research system using multi-platform object oriented program language for providing objects at runtime for creating and manipulating biological or chemical data”, terakhir (3) produk Bioinformatika itu sendiri yaitu informasi biologis hasil analisanya.

                                                   Gambar. DNA chip.

Meskipun di Indonesia  Bioinformatika  masih  belum dikenal oleh masyarakat luas    di kalangan peneliti sendiri mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak mengikuti perkembangan karena keharusan.sementara itu di kalangan TI masih kurang mendapat perhatian ketersediaan data base dasar (DNA,protein) yang bersifat terbuka atau gratis merupakan peluang besar untuk menggali informasi berharga, sudah disepakati data base genom manusia misalnya akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Maka dapat digali kandidat-kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran/ farmasi dari sinilan Indonesia dapat ikut berperan mengembangkan Bioinformatika, kerjasama antara peneliti biotekhnologi yang memahami makna biologis data tersebut dengan praktisi IT seperti programmer dsb, akan sangat berperan dalam kemajuan bioinformatika di Indonesia nantinya

Pengembangan Aplikasi Sistem Informasi Geografis (SIG)

Jurnalnya bisa di lihat di link di bawah ini ya ^^

http://eprints.ums.ac.id/1296/1/FG_23_02_des_3.pdf

Resume:

Tahapan pengembangan sistem yang digunakan dalam penelitian ini mengacu pada model waterfall (Demers, 1997), antara lain:

1) system requirements

2) software require-ments

3) analysis

4) program design

5) coding,

6)  testing, dan

7)  operations

Model ini disebut  waterfall karena satu tahapan tidak dapat dilaksanakan sebelum tahapan sebelumnya selesai, sehingga harus dilaksanakan secara berurutan. Guna  mendukung pelaksanaan tahapan tersebut dilakukan studi literatur, observasi, diskusi ahli:

a. Studi literatur: merupakan upaya untuk menjelajahi berbagai data dan informasi yang tertuang dalam buku, jurnal, laporan penelitian maupun informasi dari internet.

b. Observasi: merupakan upaya untuk penggalian data dan informasi mengenai pengelolaan air tanah yang selama ini dilakukan di Dinas Energi dan Sumber Daya Mineral Kabupaten Banyumas.

c. Diskusi ahli: merupakan upaya membahas berbagai data dan informasi yang dikemukakan oleh para ahli dengan latar belakang pengetahuan dan pengalaman dalam bidang geologi, geografi, teknologi informasi dan pengelolaan wilayah.

Proses penyusunan program (coding) meliputi penyusunan  script PHP dan pembuatan Java Applet untuk membuat pemodelan spatial dan non spatial menggunakan NetBeans IDE 6.5 melibat- kan beberapa program penting, antara lain:

1. Perangkat lunak yang berjalan di server (server-side), antara lain:

a. MySQL, berfungsi sebagai system basis data yang menyimpan baik data spatial maupun data non-spatial.

b. Apache, merupakan software yang berfungsi sebagai server web.

c. PHP, berfungsi pengerjaan  script akan dilakukan di server, baru kemudian hasilnya akan dikirimkan ke browser.

2. Perangkat lunak yang berjalan di client (client-side), antara lain:

a. Internet Browser (Microsoft Internet Explorer, Mozila Firefox, Opera, dll), digunakan untuk browsing aplikasi.

b. Java Applet yang ditempelkan dalam aplikasi (embedded) untukmerepresentasikan data spatial secara dinamis dan interaktif.

c. Java Runtime Environtment (JRE), JRE berfungsi sebagai Java Virtual Machine (JVM)   agar aplikasi java dapat berjalan.

Sistem Informasi Geografis sangat bermanfaat untuk melaksanakan manajemen air tanah. Banyak fungsi manajerial dan pengambilan keputusan yang dapat dibantu menggunakan sistem ini, misalnya penerbitan rekomendasi maupun perijinan yang memungkinkan tersedianya informasi kewilayahan secara cepat menyangkut variable-variabel penting yang digunakan dalam upaya menjaga kelestarian air tanah. Bahkan dengan teknologi Java Applet, MySQL Spatial dan PHP memudahkanbagi pengembang untuk membuat pemodelan spatial maupun non spatial.